اندیس گذاری به معنای تعیین مقادیر مناسب اندیس (hkl) صفحات و یا حلقه های ایجاد شده در الگوی پراش ایجاد شده در بررسی های TEM است. اندیس گذاری الگوی پراش در واقع بکارگیری شبکه وارون و تئوری سینماتیک پراش الکترونها است. مواردی که از اندیس گذاری نقاط و یا حلقه های ایجاد شده می توان دریافت، شامل موارد زیر است:
1- فاصله بین صفحات کریستالی (d)
2- پارامتر شبکه (a)
3- جهات کریستالی
4- طبیعت عیوب بوجود آمده.
نکته ای که در اینجا باید بدان اشاره کرد این است که تا وقتی الگوی پراش در TEM اندیس گذاری نشده است، نمی توان به شناسایی فازها و یا بررسی عیوب کریستالی پرداخت. در واقع نباید تصاویر TEM را بدون الگوی تفرق متناظر استفاده کرد. به منظور تعیین اندیس نقاط در الگوی تفرق، آگاهی از قانون براگ و لاوه و همچنین برخی اصول کریستالوگرافی ضرورت دارد که در ادامه به آن اشاره می شود.